První písemná zmínka o Hojsově Stráži pochází z roku 1614, původní osada byla založena při dolech na železnou rudu na západním svahu hory Můstek, nad údolím horního toku Úhlavy. Zdejší kostel Neposkvrněného početí Panny Marie byl postaven v letech 1824 až 1826 přestavbou původní kaple Panny Marie Růžencové, pivovar pak byl postaven
v roce 1850, fungoval však jen necelých sto let a to do roku 1946.
Nová etapa v historii vísky začíná ve 20. století díky rozvoji turistického ruchu na Šumavě, Hojsova Stráž se stává významným střediskem letních výletů a díky svým lyžařským vlekům i zimních radovánek.