Vznik trhové osady na místě dnešních Prachatic datujeme do 11. století. Za několik set let se osada proměnila ve vzkvétající středověké obchodní město, jehož největší rozmach nastal v 16. století. Tehdy byla postavena stará radnice i vybudováno městské opevnění. Na konci 16. století zde měl alchymistické dílny Vilém z Rožmberka. Naopak po Třicetileté válce přišel úpadek, ztráta městských privilegií a přeorientování se na zpracovávání dřeva, oproti předchozímu obchodu.
Ještě něco málo z novodobé historie. Po Mnichovské dohodě Prachatice připadly Německu a staly se pohraničním sudetským městem.
Dnes žije ve městě, jehož historické centrum je od roku 1981 Městskou památkovou rezervací, asi jedenáct a půl tisíce obyvatel.